清政府准备东征的情报报到台湾，郑克塽也与群臣商讨迎战办法，主动出击？众人面面相觑，觉得胜算不大，最终议定固守澎湖，阻止清军东进。郑克塽拜武平侯刘国轩为正提督，从台湾各地抽调精兵2万余人，战船200余号，开赴澎湖。
大战在即，康熙再作和平统一的努力，派人赴台招抚，郑克塽实力犹存，不肯答应：“请照琉球、高丽等外国例，称臣纳贡，不剃发、登岸。”康熙坚持台湾是中国领土，断然拒绝：“台湾贼原本都是闽人，不得与琉球、高丽比。”
至康熙二十二年（1683年）5月，施琅已作好了跨海东征的准备，康熙下达诏令，将进取台湾付诸实施。施琅接到诏令，决定在澎湖与郑军决战，力求全歼其主力。
6月22日，清军水师与郑军主将刘国轩在澎湖展开决战。
经过一番激战，郑军战败，刘国轩带着少数残兵败将逃回台湾。尚在岛上的近5000人全部投降，澎湖列岛被清军占领。是役中，郑军死伤被俘1.2万余人，194艘大小战船或被烧毁，或被倾覆，或成了清军的战利品。
战后，施琅上疏朝廷，报告澎湖战果。康熙降旨嘉奖，令照平定三藩例，从优叙议，论功行赏。有大臣奏请宜将剩勇追穷寇，一鼓作气杀入台岛。康熙未予采纳，降旨说：“澎湖一战，郑军精锐已失，此时的形势再对他们作招抚，郑氏已无再战实力，应会答应招抚的条件。台岛军民都是中国人，若以武力攻取，死伤众多，又有什么好处？此时不宜再开杀戒。”
郑克塽见刘国轩大败而归，赖以维持的血本全军覆灭，又惊又怕。部下有的主张去逃去吕宋，有的主张死守台湾，被吓破胆的刘国轩力主归顺清政府，他劝郑克塽，您瞧瞧清军，士气正旺，再瞧瞧我们，灰心丧胆，现在的形势不是明摆着？打是打不过的。而且逃跑也太危险，逃去吕宋要在海上奔波千里，风浪莫测，弄不好葬身鱼腹。为了自家性命，还是投降算了。群臣为了保全自己的身家性命，大多倾向于刘国轩的意见。
郑克塽左思右想，觉得这等投降言论也挺有道理，于是派礼官郑平英、客宾司林惟荣往澎湖见施琅，称愿纳款请降，但仍不提剃发、登岸。施琅严词拒绝，表示“若不剃发，登岸，决难准允”，并威胁说：“如果没有诚意的话，大军就要打过去了，别说我没提前告诉你。”强兵压境，郑克塽踌躇再三，在刘国轩劝谏下，终于接受了清政府的招抚条件，于7月11日再派刘国昌、冯锡圭至施琅军中，递交降表及台湾地图、户籍册。康熙收复台湾的雄才大略和坚定决心使海峡两岸终归于统一。
事实上，自从郑氏收复台湾地区后，清政府一直致力于将台湾地区纳入中央管辖。对于清政府来说，统一台湾势在必行，这是因为台湾地区的地理位置非常重要。如果在这么重要的位置上有一股反对派势力，这对中央政府来说，简直是如鲠在喉，非常不痛快。而对于反对派势力，无外乎战抚两种手段，当时，清政府南方未定，且缺乏水军，招抚就成了最佳选择，如果能从谈判桌上让郑氏剃发归顺，清政府不介意给郑氏一点儿好处。
而当时割据台湾的郑氏，对于是否就抚，归属中央政府，一直态度反复，希望为自己争取最大的利益。确实，在台湾地区做一个割据者，显然比归附中央政府更自由，拥有更大的权力。而且，投降还涉及到剃发的问题，清初的发型并不像清末，只剃前半部分的头发，后半部分编成发辫，而是真正的金钱鼠尾。即留的发辫要比小拇指还细，要能穿过铜钱中的方孔才算合格，（几乎就是光头）。而汉人的传统是讲究身体发肤受之父母，不得轻易损毁，这种发型对任何汉人来说，都不是轻易能接受的。另一方面，郑氏认为自己的实力还不错，认为当时的清政府是没能力以武力统一的，因此，即使内附也可以要个高价，没必要痛快地答应中央的条件。所以，郑氏集团同意息兵罢战，但坚持台湾以清朝藩国独立存在，不肯剃发归顺。
因原则立场相左，双方谈谈打打，经过二十多年对峙。直到1683年，康熙把握时机以战逼和，郑氏终于无奈地同意剃发归顺，清政府才将台湾地区纳入了中央政权的统辖之内。这一举措加强了中央集权，巩固了多民族国家的统一，促进了台湾地区与大陆之间的友好往来，对国家是非常有利的事情。
